版本控制用的是git，部分文件位置
/.git -- git文件夹
/.gitignore
/.htaccess -- 重写文件
/index.php -- 网站入口文件
.gitignore 内容
*.zip
*.rar
*.bak
*.log
sessions
deleted
000
tplcache
uploads/userup
uploads/litimg
cache*.php
结果
1.有的文件是忽略了比如根目录下的 /backup.zip
2.但是很多还是没有忽略，
比如 /data/0000-deleted---backup
比如 /data/tplcache
比如 /data/cache
比如 /data/sessions
比如 /fs.zbphp.com/000-deleted
这些文件夹还是没有忽略掉，他们文件夹图标上还有有一个勾。
3.有一些居然被忽略了，比如 /special 文件夹（空文件夹），他们文件夹图标上没有勾
- 这个文件是后来添加上的.
- 这些已经添加的文件不会自动从git中去掉, 需要你手动完成. 如果是在第一次用git跟踪这些文件之前就添加了.gitignore文件, git就不会添加这些文件. 看你的描述, 应该是你先用git管理了所有的文件后, 才添加的.gitignore文件. 但是你上面的那些文件夹已经被git添加完了.
- git不会跟踪空文件夹, 如果你需要保留空文件夹, 可以在文件夹里面添加一个空白文件. 类似 .gitkeep
以你的.gitignore内容来看？那些没被忽略的文件夹不是很正常么？你要忽略的话怎么着也得写个data吧？另外，需要提醒的是.gitignore似乎没法忽略掉已经push过的文件夹的说，关于如何忽略掉已push的文件，SF之前有相关的回答，你搜索一下就知道了。