额，很抱歉做了标题党...这样做只是为了更吸引人。
这样说无意贬低js，事实上我也对js兴趣有加，其中遇到一些问题希望得到大家指导。
以前用python处理起json数据得心应手，感觉很简单，我一般只用json.load和json.dump就可以解决大多数问题，对于基础的且复杂的list或dict 都一般存为py模块，导入即可方便使用（这个方法可能不是太普遍，对于效率还请大家指点）。
现在用js处理，导入倒是挺简单， require file.json文件后，直接对数组操作就可以生成新的数据，可是我要存为文件的时候就遇到问题了。我用fs.writeFile('file', JSON.stringify(data)) 可以将json数据存为文件，可是结果并不太满意，第一可读性不好，再一点，取用数据的时候也没 require file.json方便。
经验不足，菜鸟，说的可能很肤浅，还请大家多多指点。
最基本的问题就是我想通过nodejs将json存为文件
首先你说的是node.js，虽然也是JS，但是和JavaScript还是有一些区别的。然后JS解析JSON的话一般都是用JSON.stringify()和JSON.parse()函数的。
另外所谓的很好的支持，我觉得应该是讲对它的定义/格式有一个很好的支持，而不是片面的去比较书写代码的方式。
你的存入文件的写法没有问题的。
关于你的第一个问题，我想说你真是图样图森破，一定没有认真看过MDN的文档吧，JSON.stringfy()是有其它参数的，具体请看：https://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/JavaScript/Reference/Global_Objects/JSON/stringify
JSON.stringify({ uno: 1, dos : 2 }, null, '\t')
关于你的第二个问题，我查了一下，读取的话这么写可能会比较方便（好看）一点：
data = JSON.parse( require('file.json') );