请问有没有什么方法可以设置同一个本地仓库不同分支配置不同的根目录，因为要写 gitbook，需要把子文件夹 book作为gitbook分支的根目录,将下面生成的代码提交到gitbook分支上，而master分支上则用于写作，master 分支提交时忽略 book 文件夹，这样部署到服务器上就不会弄混.或者是有其他更好的办法？
master分支的结构
(以 book 文件夹为根目录) gitbook 分支下对应的结构
book 目录里的内容是通过构建工具生成的吗？那应该可以设置生成路径吧，或者自己写个迁移目录文件的命令。最终把 book 目录与 master 分支所在目录并列为同级，这样就不存在仓库嵌套了。
git checkout --orphan gitbook和git submodule结合起来使用符合你的要求，就是有些麻烦。
其实Git的分支不适合「子文件夹」这种需求，多个Repo更好用一些。
SVN的分支模型非常符合你的要求，不过可能不兼容GitBook。
当然可以，你新建一个空分支，就能存放单独的结构了。
但是你要注意，本地的一个目录中，永远只有一个活跃分支，不存在你两个分支同时操作的可能。
你这样做还不如分成两个目录。