运行环境为Ubuntu14.04
php脚本
<?php
set_time_limit(0);
exec("cat /var/www/result.R|R --vanilla",$text);
?>
无论用Apache还是nginx都会在R语言运行一半时终止运行（在需要等待运行3~5秒时的步骤停止）
但用php在命令行模式
php -f result.php
却能完整运行。
请问是否能通过修改php配置，解决这个问题
首先php-cli对脚本运行时间是不做限制的。可以参考http://www.php100.com/manual/php/features.commandline.html。一个常规的Web请求都希望在很短时间内得到响应，所以正常的php-cgi脚本执行是受到配置文件的最长执行时间限制的，apache还好一些，Nginx通过proxy来转发请求，它在这里也会设置一个最长等待时间，超时了就返回5**类似的错误了。如果你的任务都需要很长时间来执行，建议不要使用HTTP来访问PHP了，可以转为后台执行
这篇文章写的挺详细的（英文）：https://rtcamp.com/tutorials/php/increase-script-execution-time/
归纳一下：
- php.ini：
max_execution_time应该足够长 - php-fpm.ini：
request_terminate_timeout应该足够长 - nginx：
fastcgi_read_timeout应该足够长