非amd/cmd/umd/common规范的模块用r.js打包后，报错: jQuery is not defined

比如有一个a.js，这是一个没有按amd规范包装的库，代码的写法为:

(function($){
    //do some stuff..
})(jQuery);

build.js配置为:

({
    appDir: './amd',
    baseUrl: './',
    dir: '../dist/static/js',
    findNestedDependencies: false,
    optimize : 'none',
    mainConfigFile: './amd/config/config.js',
    modules: [
        {
            name: 'common',
            exclude:['jquery']   //手动排除不需要合并的依赖项
        }
    ]
})

由于我不想将jquery和其他库打包到一起，common.js依赖a.js，a.js依赖jquery.js。打包后，在common.js里的a模块无法找到jquery。我自己试了一下将a.js手动包装成amd后是可以解决问题的，但是有很多库都可能没有包装过，所以想问一下有没有办法不包装也可以在打包后正常运行呢?
补充：
shim有正常配置了

'a': {
    deps: ['jquery']
}

---

可以将a.js用
`
(function (factory) {

'use strict';
if (typeof define === 'function' && define.amd) {
    // Register as an anonymous AMD module:
    define(['jquery'], factory);
} else {
    // Browser globals:
    factory(window.jQuery);
}

}
`
包装一下，具体参考jquery源码的写法。