直接在shell中进入python，然后import flask是没有问题的。
我的python已经通过virtualenv确定了版本是2.7.4 如图:
但是当我执行uwsgi命令运行uwsgi的时候，缺找不到flask，uwsgi中提示的Python版本也是2.7.4，所以应当不是virtualenv引起的。
uwsgi加个配置试试：
pythonpath = 你的venv路径/lib/python2.7/site-packages/
参考下我在 uwsgi配置导致500错误，提示no python application found 里使用的参数
uwsgi -s /tmp/uwsgi.sock -M -p 4 -t 30 --limit-as 128 -R 10000 -d /var/log/uwsgi.log --uid www --gid www --python-autoreload 1
nginx的参数里面指明virtualenv路径：
uwsgi_param UWSGI_PYHOME /home/ENV/;
我也遇到过这个问题，最后发现是我的pip install flask并没有安装在虚拟环境中(virtualenv),检查一下项目文件夹下/venv/lib/python2.7/site-packages 里有没有flask。（venv是你的virtualenv文件夹的文件名）
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你的 uWSGI 是用 yum 安装 的吗？