AS中我的application引用了其他两个module,而这两个又同时引用了一个库,最后打包这个库会有两份吗？

如果不会有两份，那么当引用的这个库的版本号不一样的话，会使用哪个？

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不会有两份。不能有两个不同版本的库，否则编译不过的。