我知道有禅道，感觉太细，有很多冗余，对部分人员来说不能很好的理解系统的使用。
还用过teambition，但是感觉主要是比较简单，感觉是做简单的任务分派用的。
JIRA+Confluence，没深入体验，主要还要破解配置，感觉比较麻烦。
希望的解决的问题是：
团队之间分配任务时间结点，在阅读性上很友好，也就是方便查看自己的任务和他人的协作任务，关心自己要干什么，还有什么没干，什么干好了通知到。
在进度有具体的控制实现，比如需求需要重新改，改完需要重新审核，审核不过，继续重新改。
产品进行到什么阶段，目前阶段的任务情况是怎么样，进度怎么样，BUG，需求，功能开发怎么样。
培训和统一规范、强力执行比工具本身重要，不统一的话，什么工具都没用。
大家意见统一做法一致的话，单纯的excel+邮件，或者是白板＋便签纸都能扭转的很好，题主已经用过各种流派的工具了，挑一个团队容易接受的就好。
我的建议是如果团队规模有扩张的预期的话，尽快推一个微信、QQ之外的IM统一工作用……IM靠谱很多时候能解决很多问题
一般成规模的公司，都会在自己的服务器上搭建一套开源的配置管理工具，比如项目进度，任务，Bug和feature管理，可以找Redmine..代码管理搭建Git或者SVN
向您推荐 EasyPM 用几张图做个简介
通过项目首页可以清晰地看到项目工单（需求、任务、缺陷）的进展状态，也可以看到每个人的工作进展。点击右侧的饼块或者柱图，右侧会列出工单
项目工单查询和视图：EasyPM支持多种分组视图和看板视图，除了项目看板视图外，每个人可以定义自己的看板视图，只关注与自己有关的工单状态。
工单查询：支持丰富的查询条件，虽然查询条件众多，但贴心的设计，让查询条件的设置效率极高，还有查询条件可以保存、收藏。
文档管理： 开发过程中需要编写众多的文档。文档编辑器使用Markdown语法，实时保存/预览,支持版本管理、代码高亮、文档评论以及全文搜索
搜索 php wss
tower，觉得不错
rundeck
OmniFocus 就是有点贵