如何将该组数据计算出波峰与波谷的数量?

如何才能将这些模拟量数字化为一个方波（0 1）基本上为图中虚线为轴。中轴的值是不确定的，振幅也不确定高度。
原始数据：
http://7xpo63.com1.z0.glb.clouddn.com/c76168d214cdcf99539daff5ef1456e9.txt

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一般而言这种情况，最开始的项目设计或者客户就会直接要求，什么是高电平，什么是低电平。如果没有要求，你现在需要的不是自己瞎想、自定义，而是去找你的项目经理/客户，相互协商决定，不然以后项目交接，相互意见不统一，那才有得你受的。

回到你的问题，这种情况一般都只有2值化，设定阈值，大的就是高电平，小的就是低电平
顺带一提，要是要求方波，结果却出现这种波形，我一般更倾向于硬件设计有问题。

要是在MCU上，搞一个上升沿捕获或者是上升沿中断计数就行了，没那么复杂。

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不是很确定是否看懂问题描述
"图中虚线为轴。中轴的值是不确定的，振幅也不确定高度。"

如果一组整数，阈值是确定的
线性遍历一次数组，按阈值整流就可以了。
时间复杂度 O(n)
空间复杂度 O(n)

C++ 代码如下 (因为用了STL库的vector容器类)
没测试过。

vector<int> rectify(vector<int> &wave, int threshold)
{
    // verify input
    vector<int> squareWave;
    if(wave.empty())
    {
        return squareWave;
    }

    // start rectification
    int i;
    for(i=0; i<wave.size(); ++i)
    {
        if(wave[i] <= threshold)
        {
            squareWave.push_back(0);
        }
        else
        {
            squareWave.push_back(1);
        }
    }
    return squareWave;
}

另外看了下数据，感觉很像实验室测出来的数据线。
这样也不需要装C/C++集成环境/编译器，
直接Matlab写个脚本就可以了喔。

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阈值。数字信号的高电平和低电平在模拟信号并不是一一对应，而是设定一个范围。

比如，电压大于5V且保持1ns，则为1， 电压低于0.5V且保持2ns，则为0. (规则我瞎编的)

所以，针对你的数据，设定阈值就很好分析。

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数字波形详解 http://www.elecfans.com/dianzichangshi/2009040645156.html 这是不是你想要的。