如何制作msi更新包

如何使用vs2010来制作MSI更新包，网上有一些说明，但是如果更新的时候有些配置文件会被覆盖掉，请问怎样可以判断现在是更新，不去覆盖配置文件？

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是安装的时候覆盖吗？还是制作msi包的时候覆盖