一般大家用phonegap还是cordova。
为什么我下载的phonegap是0.3.
这个版本可视化生成文件夹之后怎么才能使用xcode编辑
PhoneGap就是Cordova，被Adobe收购之后更改的名字。
看了下目前已经到6.*版本了。
你下载的0.3.*应该是PhoneGap Desktop app。
建议使用npm安装
npm install -g cordova
具体操作步骤，参考：
https://cordova.apache.org/#getstarted
至于你提到的想要xcode编辑相关的iOS的原生的代码，可以在
cordova platform add ios
操作之后，在platforms/ios/中有iOS相关的工程目录结构，我不确定你想要的是否是这个。
cordova就是提供一个壳而已，不需要编辑native相关的代码，只需要编辑www中的html相关的页面即可。
phonegap