首先描述下问题场景
有开源项目A，我们拿到A之后在其上面做了很多改动，包括bug fix，new feature，暂且把它叫做内部版本B。导致的问题就是A原生的code和B修改的code大量穿插在一起，因为A会不时地有版本更新，我们需要将A的更新merge到B上来，但是因为代码大量穿插在一起，在merge的时候会有非常多的冲突，导致effort很大。现在是希望对B做重构，尽量保留A原有的code，将bug fix，new feature之类的改动都独立出来。查阅了一些资料，不确定有哪种方法可以做到这一点。目前暂时的做法是通过继承，所有要改的东西完全在子类中进行，尽可能保持A不动，这样就会有很多方法需要重写，带来的问题是A和B会有很多重复的代码
请各位前辈指教，有没有什么好的办法
首先，添加测试。
然后，重构。
第一步，先将大函数分解成小函数... ...将可以重复使用的小函数抽取出来.
推荐一本名著《重构 改善既有代码的设计》
每次对开源代码进行修改的时候，都拉去最新代码到自己branch代码中，如下：
1、git fetch remote master
2、git merge remote master
然后再进行自己的修改，但是如你所说修改比较大，那么一般的做法是进行“一刀切”的方式，
在开源项目中找到一个较稳定的版本，然后clone独立出来自己开发，以后不再合并最新代码。
但如果开源项目代码质量写的比较好，那么完全可以每次合并最新代码，因为面向对象的原则是“修改关闭，扩展开放”。
个人有以下建议：
1、对于开源项目若存在的bug,你可以修改原代码，然后merge request到开源项目中，贡献你的一份微薄之力。
2、自己扩展功能，完全遵循“修改关闭，扩展开放”的方式，即通过设计模式如代理、模板等完全足以。
3、你自己的repository中存在以下branch:
A. master (默认稳定主分支，受保护的)
B. feature （新功能开发）
C. orign_bug_fix （开源项目的bug_fix）
大致就是这个意思，除非开源者有很大改动(大版本的变化)，那么就会对原有的代码进行修改，如1.2.2 -> 2.0.0
这个时候你就可以提交你对已有代码的修改了