gulp构建项目的问题

因为网站开发环境的js模块都是分开单独文件的
目前准备更换为requirejs
现在想用gulp构建项目
问题是 html模板中输出的javascript标签和css引入标签都是php输出的。例如

<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/libs/utils/underscore.js'); ?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/libs/hammer-v2.0.4/hammer.js')?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/mobile/app/ms/jquery.hammer.js')?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/mobile/app/ms/jquery.autocomplete.js'); ?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/mobile/app/ms/suggestion.js'); ?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/mobile/app/ms/location.js'); ?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/mobile/app/ms/main.js'); ?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/libs/utils/echo.js'); ?>
<?php echo $this->staticHelper->js('/resource/js/mobile/app/ms/index.js'); ?>

为了减少网络请求，需要把这些js模块按依赖的情况合并压缩打包到线上，并且同步更改html内的php输出的javascript和css的标签引入路径，希望大神给一些方法。

最终实现的样子 js按依赖打包成一个xxx.js
模板里的script标签的src也对应引入一个xxx.js

还有就是写在html里的javascript怎么和引入的javascript用gulp合并打包到一个文件

以上两个问题，大神给些建议和方法。多谢