yuicompressor会替换本地变量名
于是require就被替换了掉了，但是http://seajs.org/docs/zh-cn/rules.htm...
seajs要求require不被替换
yuicompressor好像不能为单独的变量加一个特殊规则
但要为了一个require不压缩所有的本地变量又觉得不划算呀。
建议用 spm 来打包
可以使用UglifyJS进行压缩：
UglifyJS hello.js -o hello.min.js -c -m -r require
spm已经支持了局部压缩，假设 a -> b -> c -> d
spm build c.js
则仅仅会合并c和d，而spm还提供有同步和异步两种方案进行require。
仔细想了下，鉴于你的需求，我比较倾向于这样处理：
a 里面 require('b')
b 里面 require.async('c')
c 里面 require('d')
这样spm build的时候可以分开两步：
spm build a.js
spm build c.js
这样可以打包为两个文件，因为这种局部打包其实说到最后还是怎么界定优化策略的问题，spm无法做得太多（或许还是不够聪明），但是因为seajs利用正则把require变成异步的方案仅推荐在开发的时候用，正式上线的时候还是区分开异步（require.async）和同步比较好。
我顺手做了个DEMO，https://gist.github.com/2583839 不知道这样做能否解决你的问题？
可以把这个需求提给玉伯http://weibo.com/lifesinger看下。
修改源码
util.parseDependencies = function(code) {
var ret = [], match, regRequire,
regGet = /^function\s*\(\s*(\w+)/;
code = removeComments(code);
match = regGet.exec(code);
regRequire = new RegExp('(?:^|[^.$])\\b' + match[1] + '\\s*\\(\\s*([\"\'])([^\"\'\\s\)]+)\\1\\s*\\)', 'g');
regRequire.lastIndex = 0;
while ((match = regRequire.exec(code))) {
if (match[2]) {
ret.push(match[2])
}
}
return util.unique(ret)
}