问题：今天老大给了我一个header模板，说让我直接在我的页面嵌入，但是我看了下，模板里面的css引入和js引入全是来自服务器，我如何更改这个header里面东西呢，还是我只是嵌入，以后由别人直接改动服务器上的文件？新人不知该怎么办，刚刚工作两周，寻求指导。
用svn或git把服务器上的代码拉到本地。
具体看你需要修改的是什么，如果只是 DOM 结构，你修改这个 header 模板，提供给他人使用即可。如果你需要修改样式和脚本，那么你需要修改对应引入的文件，你要问你领导具体文件在哪里，你如何获取与提交。
除此之外，我觉得题主更应该关注的是新手应该如何解决问题，你提到的这个问题只是以后会发生的种种问题的其中一个。我有一些不成熟的小建议：
当发现一个问题的时候，先去自己尝试下是否可以解决，如果问题超出了你的知识范围，再去搜索一下相关关键字，看网络上是否有类似问题，如果得到帮助最好，没有得到，你再去询问一下附近的同事和朋友。
询问的时候，需要你组织好语言，对问题的现象，环境，结果描述清晰，有代码最好贴上代码。使得别人能够清晰的明白你的问题，才好针对性的回答。
解决了的问题，不要一带而过，试着去理解下原理，针对问题扩展下涉及到的知识点。
最后我推荐使用一些笔记软件，做一些学习记录，使你的每次问题都能成为你的财富。
同上，和你领导好好沟通沟通，或者问问同个岗位的前端人员。既然是新人，多问问，没错的
楼上说的可能是一种情况，使用Git或SVN进行代码托管，还有一种情况：你们有自己的一套相对成熟的CSS和JS模板库或者组件库，比如类似Bootstrap一类的样式库或者JS框架，找你的老大要相应的文档阅读，然后不用更改源代码，直接套用，当然这只是猜测而已，具体你们公司啥情况就得和你的领导好好沟通了