目前一个项目需要将愿数据库(sqlserver)中的数据取出并做一定处理后存入目标数据库(mysql),但是mssql和mysql无论是sql语句还是内置函数很多地方都不统一(比如mysql的自增是auto_increment,mssql的自增是identity(1,1)),数据传输和转换非常的不方便。同样是使用sql语句的关系型数据库，为什么要这么不统一呢？这是微软的锅吗？
大多数SQL数据库都这样，除了最基本的增删改查一样以外，大多数功能都各不相同。
你可能需要ETL软件
一个比较常见的是kettle
http://community.pentaho.com/projects/data-integration/
因为标准化需要很长的时间，所以SQL标准只是大家都支持的功能的一个子集，每一家都有自己的扩展。有些大家都支持的功能也还没有进入标准所以各家有各家的语法。Oracle也有很多自己的语法。
题外话：我觉得提主真的非常浮躁并且还喜欢从众，这样的心态很不利于学习新的知识。自己不懂、搞不定的东西，就觉得一定是别人的锅，一看微软，哦那一定是微软的锅了，这种被害者心态真不知道怎么来的。SQL Server被开发出来的时候，MySQL还不存在了好嘛。