$("body").animate({ scrollTop:0 })

1、为什么在ie中scrollTop无效。怎么做兼容？
2、做了一个页面，为什么页面刷新后不能回到页面顶端，页面保持再来刷新前的位置。所以只能用scrollTop来动态回到顶端的吗？

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首先，这个方法没有兼容性问题(可能某些版本存在没有这个方法，具体你自己去了解)。

第二个，页面刷新不能返回到页面顶端。这个是某些浏览器的特性，为了记忆之前访问的位置。通常不会处理。