不知道有没有什么比较优秀的框架，能够进行对比？
thrift能够实现跨语言调用，但是不支持R。
做好能够实现双向通信机制，比如说一种语言调用接口并返回数据给另外一种语言。描述的实在不是很详细，有没有人设计过这方面的应用，应该如何来进行设计？
中间件或者web服务都可以吧，像Zeroc的Ice
amqp算吗？
我不知道题主想要做什么，
所以不知道该推荐哪方面的比较好。
请Google "Webservice"
很久很久以前有一种东西叫做SOAP，解决了大部分企业开发中Java和.net通信的问题，但是这个东西用起来不算简单, 然后一个哥们发了一篇论文，叫做《架构风格与基于网络的软件架构设计》，于是RESTful的webservice开始流行起来。
预知详情，可以搜索下restful的文章。
最为通用的就是 RPC 了，具体比如基于 HTTP 的 XML-RPC 或者 JSON-RPC, 在各种语言都有实现。
说到底，跨语言的消息通讯框架，基本都是使用XML、json、二进制流的方式传输，封装了通讯协议等！
相比Thrift，google的protobuf框架，也是不错的选择！
没搞清楚，楼主说的是想实现一套类似的框架还是在别人的框架上使用设计的问题？
腾讯自己实现了一套类似的框架：基于Protobuf的通讯库--Poppy简介