本人在工作的第二年进去一家创业型的公司，我们公司只有我一个前端，在我没来前还没有前端，在项目中的js与css存放非常的乱，页面上的引用也非常的乱。
一个网站上使用的css与js被随意的存放在不同的文件夹中，还出现了一个相同的js不同的地方，不同的引用。
导致了我后续的使用不方便，与网站的速度也太快。
我的想法与要求是：
把页面上的css与js进行统一的管理，存放在一个目录下，我使用grunt上传正式或预发，并进行代码的检查与压缩。
遇到的问题
1.发现我根本下不了手，发现乱的我不知道怎么整理，因为公司还没有ftp我需要修改页面上js与css的引用。感觉太繁琐。原本的css与js也不知道怎么进行合适的归类。
新的想法与所要面临的问题！！
1.老的内容还是让它这么着，等下次有大改版的时候，再统一处理
2.新的项目使用新的引用，把原来的内容全部抛弃。
问题
1.页面上的代码引用会更加的杂乱，东一块，西一块
2.如果下次有了ftp或者说需要进行代码的整理，可能会更加麻烦。
上面内容是我对这个问题的想法，但是我自己找不到合适的解决方法。
希望有这方面经验的前端兄弟给我指条明路
ps.发现自己真的是个纠结的人。
在这里谢谢大家给我的方案以下是我现阶段已经处理完成的操作：
1.在这个文件中我打算建立新的一套前端代码。
2.老的代码全部放入obstinate中，不去理财，毕竟太乱了。
3.在以后的制作中，慢慢完善自己的前端代码内容。把老的内容进行替换。
-obstinate 老的杂乱代码存放
-plug-css css插件
-plug-js js插件
-jquery
-版本
-jquery-seajs
-jqeery-min
-jqery...
-seajs
-assets 自己编写插件
-page 页面
-demo
-css
-js
-doc 文档
以上是我的思路，如果有不完善的地方，请指出，本人第一次进行这方面的操作。
ps： 答案就暂时不采纳了，毕竟大家的话对我都有帮助。
我也赞成重新写的方案，整理一下原来网站的接口，重新搭架子，善用bower grunt sass 这一类的自动化工具
至于css js的整理，建议将全项目共通的放到一起，每个模块和每个模块之间可以考虑分开存放管理。最后通过自动化工具将它们打包压缩在一起。
public/images
/javascripts
/stylesheets
/..
先将路劲分好，将代码放在相应的路劲中。
然后再一个个页面的去调优（将公共的整合在一个文件中，没有用到的去掉，代码、结构等慢慢优化），有点麻烦，但是这个过程会让你学到很多！
好奇葩，咋能这么乱呢
好乱。。
建议放弃以前的代码，自己重新定义代码目录， 并要求其他同事，包括非前端同事添加前端代码必须要符合一定的规范。
弄一个git库来统一管理吧。
还可以提出代码重构，然后花时间整理和重写原先的功能， 从而彻底抛弃老代码。
先看下什么类型的站点, 单页面应用的话, 我们在 Teambition 有一套比较成熟的方案.
也是社区的方案拼凑起来的, 按照 MVC 拆分目录, 用 Gulp 或者 Webpack 管理静态资源.
如果是服务端渲染的页面, 我这边经验很少, 要根据具体服务端方案做一个.
从图片能看出的东西很少... 只有, 楼主没有包管理工具, 那么估计模块系统都没做好..
建议看 CommonJS 跟 AMD 的资料考虑一下管理模块.
你在原来项目的基础上优化还不如重新架构前端，优化的缺点在于逻辑完全混乱，到时候自己都不知道改成生么样子了，重新架构的缺点在于工作量可能稍微较大，但是后续维护很有利，并且完全可以采用自己喜欢或者熟悉的任何技术或者框架。
你需要：
* 预先想好文件目录结构，比如frontAssets->(stylesheets + javascripts + othersources)
* 前后端如何分离，其实这个解决了，什么都好说。
有点乱，个人感觉在原来的基础上优化，更浪费时间，还不如自己重新搞。
重写吧，然后用UI框架，这样速度快些
自己重新写吧
首先这是一个过程，不可以一步完成。办法大概是逐步优化，但是保持项目依旧可以运行。首先是要定义一个规范，新添加的css和js就必须按照规范来。其次就是修改以前的代码。那么就可以先从目录结构开始，把原本的js移动到新目录下，并修改相应的链接地址(这里要细心，可以考虑使用正则搜索替换)，目录规范之后，就是代码规范了，这就需要你阅读代码了，这步就不多说了，此处略去一万字...那么接着你可以进行scss改造略去五千字...前端流程工具略去一千字...等这个优化的核心有两个:1、就算没有优化完项目依旧可以运行，只不过代码会比较凌乱(当然，你项目目前已经够挫的了，所以不必担心这个问题)。2、版本可回溯，(既不小心项目搞挂了，可以还原回来，就是版本管理了)。3、好像只有两个核心，那祝你好运！
看不到图片是什么鬼。。？
scss管理css，webpack管理js，jade管理HTML。