我在使用pyqtdeploy部署PyQt5的项目时，发现只有一个文件的项目可以部署成功，一旦在main文件import项目里的其他模块，产生的exe就会运行错误（不显示，没有提示错误，我WinDbg不会用。。。），看过官方文档关于Application Package Directory的解释，也没有发现问题出在哪。
sip和PyQt5我是静态编译的，qmake没错，nmake时提示需要在Makefile.Release文件里加LFLAGS += /NODEFAULTLIB:MSVCRT，加上之后也通过了，两种项目的部署都是如此进行的。
答案很简单，在import“项目的模块”时要加上项目目录，即：
原本app.py和be_imported.py在同一目录qt_app下，app.py里import be_imported没有问题，但是部署时需要改成import qt_app.be_imported。
原谅我提出这个愚蠢的问题。
pyqtdeploy可以配合setuptools，
pyqtdeploy itself uses the setuptools based structure.
也许这是更好的方法。