为了证明这种方式是可以用的, 我尝试写了个模块:
https://github.com/jiyinyiyong/proto-scope

human = proto.as
  init: -> @name = 'human race'
  give_name: (@name) ->
  introduce: -> console.log "this is #{@name}"

tom = human.new()
tom.introduce() # => "this is human race"

man = human.as
  speak: ->
    print 'speaks by', @name
dan = man.new()
dan.give_name 'Dan'
dan.introduce() # => "this is Dan"
dan.speak() # => "speaks by Dan"

从功能上说, proto 是可行的, 在 Node 环境里也是正常能跑的,
但是为什么没人在实际使用当中这样用呢?

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标准的可以用Object.getPrototypeOf 和 Object.create 来做

问题是，不是可以用的东西就会被用……你需要回答的是“为什么这么做” 因为就你贴代码的那样子的能力，完全不用__proto__或者getPrototypeOf也一样能办到

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因为__proto__是prototype在实例上的副本，定义在prototype上的方法能够继承给所有实例，而__proto__只能影响到指定的实例

如果要对单个实例添加方法，直接obj.fn = function() {}，比__proto__来得更简单直接，而且还节约了在原型链上的遍历（其实微不足道）

定义到__proto__的确可以工作，但并没有什么好处，当然就没人爱这么干

UPDATE:

我写了段代码测试，我的第一个观点是错误的，__proto__是prototype的直接引用，两者是一致的

那么我的第二个观点也不那么站得住脚……

@TooBug的答案看来更靠谱一点

另外，我认为即使不考虑__proto__非标准的因素，对prototype修改的方式会比修改__proto__更易读和维护

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https://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/JavaScript/Reference/Global_Objects/Object/proto

红色区三个大字……

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可以阅读下 @nightire 凡哥的博文 - 《理解 JavaScript（四）》，里面详细介绍了 prototype 和 __proto__ 以及原型继承等相关问题。