目前为止我打算这样安排我的目录
src // 存放源代码
dist // 开发时引用的代码
tests // 测试用例代码
build // 构建完毕可以发布的代码
我的问题是：
1 . 目前想到的办法是每次开发时就先复制一份src里的所有文件（里面有*.html，*.png..等）到dist里，然后启动webpack等服务，但是觉得这样做前期要做太多准备了。
2 . 请问你是怎么组织目录的？有没有更好的目录结构呢？
除了作为入口的html文件，其他的不需要复制过去。
所有的资源文件都可以当做模块，只要output指定到dist目录就好了。
webpack会自动帮你处理好依赖和引用。
单页面的项目还有个直接生成html的插件，可以自动插入生成的脚本或样式。
如果是多页面多个入口，我也不知道有什么好的解决方案。我现在是用gulp编译jade文件到html。
目录结构的设计一般需要gulp／grunt这样的工具链支撑
可以参考我的gulp+webpack+bower 前端骨架
https://github.com/mcfog/glimmervoid
另外，题主对dist理解有误，dist是distribution的所写，是指打包完毕可以分发／部署的文件，一般不会同时有build和dist的