目前已经找到一种方法，但是该方法存在问题，即无法有效处理文档过长的情况。
db.area.insert({'number':'010010','province':'内蒙古自治区','city':'呼和浩特市','disc':'新城区','addr':'光华街(十四中家属楼)','jd':'内蒙古自治区呼和浩特市新城区'})
db.area.insert({'number':'010010','province':'内蒙古自治区','city':'呼和浩特市','disc':'新城区','addr':'兴安南路','jd':'内蒙古自治区呼和浩特市新城区'})
cat mon | /usr/local/mongodb/bin/mongo localhost/zip --shell
当insert的文档过长时，该方法会报错，显示unexpected token ILLEGAL和unexpected identifier。但是在Robomongo中执行同样的命令则没有问题。
因为需要批量处理的是insert和update混合的命令，且涉及多个集合，因此无法使用mongoimport。
使用环境为linux
直接将所有要执行的代码写成一个 all.js 文件，然后用 mongo localhost/zip all.js 执行。
@Huan Du 的答案是在用 MongoDB Shell 的脚本模式，需要注意的是这跟在Shell里直接输入命令有一些小区别，比如 show dbs 是不能用的，因为它不是合法的 Javascript 语言。再比如查询返回的是Cursor，而不是直接显示前20个文档。错误提示会有的，比如说语法错误。
具体的文档见这里
MongoDB Scripting
Write Scripts for the mongo Shell
Server-side JavaScript