今天在CU上无意看到的一个题目，但是当时没有人给出合理的答案，而这个问题在基因处理中的确存在这样的需求，所以拿出来问问各位，希望可以给出较好的解决方案。
题目是这样的（有所精简）：
读取文本文件，内容为基因序列字符串，包括基因的id及其对应的序列（也就是由AGCT四种字符组成的文本内容）。现在想对这个文件做索引以便搜索。如果待查询的字符串长度为K，那么我需要得到这个文件中所有的长度为K的子串的位置以及子串所属的基因（基因id）
题目比较复杂，举例来说：
比如文件的内容如下：
0
AGCAGGGGGGCTTATTATTACCCCCCCTGCTCGGGGCGGGACATTCTGTG
ATGGGCTGGGCTTTATGCGGCCAAATAAGCCCATAAAGCCAGATCTGGGC
CCATTTAAGGGCCCGTGGTTTGAAAATGTCGCGTTCCCGCCTAA
……
1
……
2
我要查询所有长度为k的子串的位置，例如查询AAGCCCA（k=7），把这个子串的所有位置信息找出来，并且要知道这个子串是在>0对应的序列上，还是在>1对应的序列上。
原题和之前的讨论见：http://bbs.chinaunix.net/thread-4078417-1-1.html
首先复述题意以确认我没有理解错题主意思：
给定多个母串，然后给出一个模式串，用模式串去匹配母串，要求得到每一个匹配所对应的母串序号，及其在该母串中的位置
如果确认是该题意的话，可以用AC自动机轻松实现