1.在做系统时，才有Hibernate结合开发时，经常遇到模型关联很多，导致后面处理业务逻辑大量的判断和感觉重复的代码，如何将，模型关联分离，做到单一化的职责，减少系统关联，优化系统呢？
2.关联关系如 用户与很多模型关联等
你这个问题好大，简单来说就是搞清楚Model和Model之间的关系，有三个维度
“引用关系”还是“拥有关系”。如果A拥有B，那么A删除的时候B也要跟着删除。如果A引用B，那么A删除了B不用跟着删除。这个根据业务来判断。
单项还是双向。这个根据业务来，你自己判断，不过要记住一点，在“引用关系”下，尽量保持单向。在“拥有关系”下，双向是可以的。
一对一、一对多、多对一、多对多。这个不多讲了，不过有一点要注意，尽量避免多对多，如果用了多对多多问问自己是否一定要这么干。
如果一定要问有什么方法论，可以看看DDD（Domain Driven Design）里的聚合根（Aggregate Root）概念。
终于可以来吐槽一下了，对于已经长时间不再使用 ORM 的人来表达一下我的看法。
经常看到写 Java 后端的人，写了一大堆模型对象，各种继承和组合都用上了，如 @chanjarster 所说的，一对一，一对多，多对多，单项双向的，直接绕晕了...
其实个人觉得 ORM 是一个很糟糕的发明，ORM 唯一的好处就是不用考虑 SQL,简直哭晕，SQL 是一个多么好的东西，现在对于大部分的 Java 程序员来说，写个 SQL 应该不是大问题，比在这里去背各种对象映射规则简单多了...
总结一下ORM 的缺点
性能不高，即使有成熟的框架，有的时候我只要访问一个属性，还是装载了整个对象的数据。（PS:可能可以配置，那学习成本也很高）
不够灵活，很多业务需求，都是需要连表查，调用函数，存储过程...
抽象太麻烦，直接绕晕了
综上，如果你认可的话，那就放弃 ORM 吧
替代方案：
使用
MyBaits直接写SQL，灵活控制使用
NOSQL数据库，把对象转换为JSON数据，可以直接存储，如MongoDb