除了没改配置文件的站点没挂，其他的都重定向到主站点了

上面的文字 提醒难道不够明确吗？ 

你手动修改了配置文件，那么该 站点的配置就完全 由你手动配置来完成，面板不再参与管理。

如果想恢复 通过面板来配置 点恢复 就行了