小白问题，github有那么多仓库，每个仓库每个提交都有历史版本，这个量级应该是很大的吧，这个是怎么存储的？
这个得看 git 而不是 github。github 是提供了 git 仓库和配套服务的一个社交/协作平台。
github 的历史版本当然是用 git 的方式存储的。至于 git 是怎么存储的，看 ProGit 就可以了。
至于 github 是怎么存储如此多的 git 仓库的，我也不知道。不过你首先说清楚，你想问的到底是哪个？
也许可以看下 [1]: http://marklodato.github.io/visual-git-guide/index-zh-cn.html
我理解的就是文件树的管理。。
你以为都是存在数据库的？git 会将每次操作都存在文件夹 .git 内的，版本控制这部分 git 已经做的差不多了，实际上并不需要 Github 去多做些什么，Github 管理仓库的话你也可以变相的认为就是在管理那些文件而已。如果还不是很明白的话，自己搭建一下 GitLab 就应该会很清楚了。