微信浏览器支付为什么会有两份文档？

https://pay.weixin.qq.com/wiki/doc/api/jsapi.php?chapter=7_7&index=6

http://mp.weixin.qq.com/wiki/11/74ad127cc054f6b80759c40f77ec03db.html#.E5.BE.AE.E4.BF.A1.E6.94.AF.E4.BB.98

用哪个？

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都可以参照用，一个是接口的详细说明，一个是对参数概括。不要纠结。我一般都看说明文章

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支付目录设置两个都一样。
页面调用，jssdk比较麻烦，公众平台要配置jssdk的有效域名
发起页用法

//[1]引入 https://res.wx.qq.com/open/js/jweixin-1.1.0.js，
//[2]然后就是confing声明
    wx.config({
debug: true, // 开启调试模式,调用的所有api的返回值会在客户端alert出来，若要查看传入的参数，可以在pc端打开，参数信息会通过log打出，仅在pc端时才会打印。
appId: '', // 必填，公众号的唯一标识
timestamp: , // 必填，生成签名的时间戳
nonceStr: '', // 必填，生成签名的随机串
signature: '',// 必填，签名，见附录1
jsApiList: [] // 必填，需要使用的JS接口列表，所有JS接口列表见附录2 
});
//[3]最后才是调用
    wx.chooseWXPay({
timestamp: 0, // 支付签名时间戳，注意微信jssdk中的所有使用timestamp字段均为小写。但最新版的支付后台生成签名使用的timeStamp字段名需大写其中的S字符
nonceStr: '', // 支付签名随机串，不长于 32 位
package: '', // 统一支付接口返回的prepay_id参数值，提交格式如：prepay_id=***）
signType: '', // 签名方式，默认为'SHA1'，使用新版支付需传入'MD5'
paySign: '', // 支付签名
success: function (res) {
    // 支付成功后的回调函数
} });