经常要用一些现有的php程序做二次开发，拿到别人的程序一看，各种include，几下就晕了。
有没有什么好的方法分析程序调用过程，，或者是有什么好的工具?
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Xhprof，应该对你有点帮助，结合 graphviz，可以绘制程序执行图。不过，它主要还是用于性能分析的。http://www.cnblogs.com/siqi/p/3790186.html
业界流行xdebug
refer:
http://xdebug.org/docs/all
and
http://www.cnblogs.com/happyday56/p/3195278.html