项目需要的模块不清楚！自己的话会用angular和node的经典框架 对项目结构和那些npm包很模糊。
node作为中间层，类似早先的php＋java的前后端分离。个人理解如下：
1、nginx(接入层) ->负载均衡-> node（中间层）->REST/RPC->java（业务层）;
2、node作为中间层，本质上也还是一个独立的mvc网站，负责接受请求和渲染网页，只是其中一部分业务逻辑不再由node自己完成，而是可以通过REST或RPC的方式调用后台JAVA的应用服务器。
3、所以你这里说的项目模块，我理解你是指node_module里的依赖，应该和普通的node网站没有区别（如mean架构）。
给你两个参考，我最近看的觉的写的不错：
http://www.uml.org.cn/j2ee/2016041210.asp
http://tech.meituan.com/node-fullstack-development-practice.html